Das ist wohl das Problem deines analog Oszis.
Mit meinem digial Oszi habe ich Probleme die Mischung aus PWM und Feld zu triggern.
Dein Analog Oszi triggert so, dass es auf dem Phosphor Display eben alles übereinandern liegt.
(es gibt auch "digitale Phosphor Displays"

Deshalb siehst du nicht nur die gesteuerte, bestromte PWM, sondern auch die EMK, die kein Rechteck ist.
Die EMK muss sinuförmig sein, da die eben vom Motor erzeugt wird.
Die Ansteuerung, also der Strom ist aber Rechteckförmig.
Es ist nunmal so, dass man auch wissen muss, was man mist oder zumindest zu interpretieren.
Damit auch Du zu deinem Ergebnis kommst, mache die gleiche Messung nochmal mit 100%.
Dann kann ich die erklären, woher der Teil der nur zu 1/3 sichtbaren "sinuskurve" herkommt.
Grüße
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